Öz
Sonuç:
Resveratrolün erken hepatoselüler karsinom için etki mekanizması, çok hedefli, çok yolaklı bir etkileşimdir. Reseptörler, SRC, CYP3A4, PIK3CA, CYP1A1, RELA, ESR1 ve diğer hedeflerle ilişkili olabilir ve ana sinyal yolakları, hepatoselüler karsinoma yolağı, PD-L1 ekspresyonu ve PD-1 kontrol noktası yolağı ile ilişkili olabilir. Kolin metabolizma yolağı, merkezi cabon metabolizma yolağı ve diğer yolaklar. Bir sonraki derinlemesine deneysel çalışma için teorik bir temel sağlar.
Bulgular:
İsviçre Hedef Tahmini veritabanından resveratrol için altmış dokuz potansiyel hedef elde edildi. Hastalık veritabanının taranması ve kopyalanması, erken hepatoselüler karsinom için 9682 hastalık hedefi ortaya koydu. GO fonksiyonel zenginleştirme analizinden 754 giriş elde edildi ve KEGG zenginleştirme analizinden istatistiksel olarak anlamlı 99 yolak elde edildi.
Yöntem:
Resveratrolün hedefleri, İsviçre Hedef Tahmini veritabanından elde edildi; erken hepatoselüler karsinomun hedefleri GeneCards, OMIM ve DisGent veritabanlarından elde edildi. Bileşik hedef hastalık ağı, Cytoscape yazılımı kullanılarak oluşturuldu; protein etkileşim ağı, STRING veritabanı kullanılarak oluşturuldu; GO işlevi ve KEGG yolağı zenginleştirme analizi, R dilinde gerçekleştirildi.
Amaç:
Resveratrolün erken hepatoselüler karsinomun tedavisinde ana hedef genlerini, anahtar yolaklarını ve bunların etki mekanizmalarını bir ağ farmakolojisi yaklaşımı kullanarak çoklu veritabanlarına dayalı olarak analiz etmektir.
Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, çoklu veritabanı, erken hepatoselüler karsinom, farmakolojik mekanizma, resveratrol
Kaynakça
Kulik L, El-Serag HB. Epidemiology and Management of Hepatocellular Carcinoma. Gastroenterology 2019;156(2):477-491.
Yang JD, Hainaut P, Gores GJ, Amadou A, Plymoth A, Roberts LR. A global view of hepatocellular carcinoma: trends, risk, prevention and management. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 2019;16(10):589-604.
Chidambaranathan-Reghupaty S, Fisher PB, Sarkar D. Hepatocellular carcinoma (HCC): Epidemiology, etiology and molecular classification. Adv Cancer Res 2021;149:1-61.
Piñero F, Dirchwolf M, Pessôa MG. Biomarkers in Hepatocellular Carcinoma: Diagnosis, Prognosis and Treatment Response Assessment. Cells 20201;9(6):1370.
Ranganathan S, Lopez-Terrada D, Alaggio R. Hepatoblastoma and Pediatric Hepatocellular Carcinoma: An Update. Pediatr Dev Pathol 2020;23(2):79-95.
Craig AJ, von Felden J, Garcia-Lezana T, Sarcognato S, Villanueva A. Tumour evolution in hepatocellular carcinoma. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 2020;17(3):139-152.
Garcia-Lezana T, Lopez-Canovas JL, Villanueva A. Signaling pathways in hepatocellular carcinoma. Adv Cancer Res 2021;149:63-101.
El Jabbour T, Lagana SM, Lee H. Update on hepatocellular carcinoma: Pathologists’ review. World J Gastroenterol 2019;25(14):1653-1665.
Chang Y, Jeong SW, Young Jang J, Jae Kim Y. Recent Updates of Transarterial Chemoembolilzation in Hepatocellular Carcinoma. Int J Mol Sci 2020;21(21):8165.
Feng J, Li J, Wu L, Yu Q, Ji J, Wu J, et al. Emerging roles and the regulation of aerobic glycolysis in hepatocellular carcinoma. J Exp Clin Cancer Res 2020;39(1):126.
Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, et al. PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces. Nucleic Acids Res 2021;49(D1):D1388-D1395.
Daina A, Michielin O, Zoete V. SwissTargetPrediction: updated data and new features for efficient prediction of protein targets of small molecules. Nucleic Acids Res 2019;47(W1):W357-W364.
Stelzer G, Rosen N, Plaschkes I, Zimmerman S, Twik M, Fishilevich S, et al. The GeneCards Suite: From Gene Data Mining to Disease Genome Sequence Analyses. Curr Protoc Bioinformatics 2016;54:1.30.31-31.30.33.
Amberger JS, Bocchini CA, Schiettecatte F, Scott AF, Hamosh A. OMIM.org: Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM®), an online catalog of human genes and genetic disorders. Nucleic Acids Res 2015;43(Database issue):D789-D798.
Piñero J, Ramírez-Anguita JM, Saüch-Pitarch J, Ronzano F, Centeno E, Sanz F, et al. The DisGeNET knowledge platform for disease genomics: 2019 update. Nucleic Acids Res 2020;48(D1):D845-D855.
Szklarczyk D, Kirsch R, Koutrouli M, Nastou K, Mehryary F, Hachilif R, et al. The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest. Nucleic Acids Res 2023;51(D1):D638-D646.
Szklarczyk D, Gable AL, Lyon D, Junge A, Wyder S, Huerta-Cepas J, et al. STRING v11: protein-protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets. Nucleic Acids Res 2019;47(D1):D607-D613.
Yu G, Wang LG, Han Y, He QY. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. Omics 2012;16(5):284-287.
Luo W, Brouwer C. Pathview: An R/Bioconductor package for pathway-based data integration and visualization. Bioinformatics 2013;29(14):1830-1831.
Jindal A, Thadi A, Shailubhai K. Hepatocellular Carcinoma: Etiology and Current and Future Drugs. J Clin Exp Hepatol 2019;9(2):221-232.
De Kock L, Freson K. The (Patho)Biology of SRC Kinase in Platelets and Megakaryocytes. Medicina (Kaunas) 2020;56(12):633.
Luo J, Zou H, Guo Y, Tong T, Ye L, Zhu C, et al. SRC kinase-mediated signaling pathways and targeted therapies in breast cancer. Breast Cancer Res 2022;24(1):99.
Brian BF 4th, Freedman TS. The Src-family Kinase Lyn in Immunoreceptor Signaling. Endocrinology 2021;162(10):bqab152.
Mulder TAM, van Eerden RAG, de With M, Elens L, Hesselink DA, Matic M, et al. CYP3A4 22 Genotyping in Clinical Practice: Ready for Implementation? Front Genet 2021;12:711943.
Loos NHC, Beijnen JH, Schinkel AH. The Mechanism-Based Inactivation of CYP3A4 by Ritonavir: What Mechanism? Int J Mol Sci 2022;23(17):9866.
Yuan X, Lu H, Zhao A, Ding Y, Min Q, Wang R. Transcriptional regulation of CYP3A4 by nuclear receptors in human hepatocytes under hypoxia. Drug Metab Rev 2020;52(2):225-234.
André F, Ciruelos E, Rubovszky G, Campone M, Loibl S, Rugo HS. Alpelisib for PIK3CA-Mutated, Hormone Receptor-Positive Advanced Breast Cancer. N Engl J Med 2019;380(20):1929-1940.
Canaud G, Hammill AM, Adams D, Vikkula M, Keppler-Noreuil KM. A review of mechanisms of disease across PIK3CA-related disorders with vascular manifestations. Orphanet J Rare Dis 2021;16(1):306.
